在新一轮党政机构改革中，原设立在水务部门的防汛抗旱指挥部办公室，统一划转到新成立的应急管理部门。这在2018年的部委改革和省级党政部门改革中，和今年元至三月份开展的市县级党政机构改革中，其改革方案和实施的具体步骤都是一样的。
将防汛抗旱办公室划转到应急管理部门，主要目的是为了使应急管理部门统一组织、协调、指导、监督包括防汛抗旱在内的防灾抗灾救灾工作，有一个统一的指挥协调系统，职能统一，权力统一，力往一处使，劲往一处用，以便在出现水旱灾害过程中，能迅速、及时地调动各方面的人员和物资，以最快的速度和最高的效率，达到救灾减灾目的，保护人民的生命财产安全。
市县一级防汛抗旱办公室是事业单位，改革的模式是机构整体划转，连人带编一起划转到应急管理局。在改革实践过程中，其人员转隶有两种模式：一种是机构划转后，连人带编随职能整体划转，改变隶属关系。另一种是部分划转，也就是职能划转后，在水务部门保留一部分技术人员，由应急管理部门承担综合组织、指导、协调、监督职能，由水务部门承担一部分技术支撑。出现后一种人员转隶方式的原因，是部分防汛抗旱工作人员在水务部门执行的是职称工资，划转到应急管理部门后，没有相应的专业技术岗位，要改管理人员工资，这部分人员不愿意改变隶属关系，地方政府为了妥善安置人员，将这部分人员保留在水务部门，划转到水管站等专业技术类事业单位，保留其原来享受的职称工资待遇。
防汛抗旱办公室划转到应急管理部门后，也将随下一步事业单位分类改革，随职能重新整合，机构综合设置。其承担的行政类职能划归应急管理局机关承担，原来已经参公的要取消参公属性，原登记为参公身份的工作人员，暂时保留参公待遇，以待进一步深化改革。
