1 基因
遗传学家认为，当某个纯合基因的携带和非携带者相应特征的平均水平的差异达到或超过一个明显标准偏差时，这个基因就可以被定义为一个主控基因(major gene)。具有明显效应的基因可通过分析基因隔离的家系的表型数据检测到，这种方法叫种群隔离分析(segregation analysis)。Sellier等评估了对内品质有影响的2个重要主基因：氟烷基因和RN基因。
1.1 氟烷敏感基因
氟烷敏感基因也称作猪应激综合症(PPS)基因，Christian(1972)认定氟烷基因与种畜有关是在观察到猪由于应激而受到损伤时存在一个单基因变量，Eikelenboom(1974)发现氟烷气体能引发PPS。以后，做了许多有关应激阴性和阳性肉品质的比较研究。许多研究结果发现肉品质的主要差别为pH、颜色和系水性。两个基因型的这些差别直接与PSE发生率的显著差异有关，这可由不同肌肉代谢方面来解释。事实上，在应激阳性猪肉中，肌纤维的面积较大，而毛细血管张力降低(Karlstorm等，1992)。Pommier等发现PSE并不是氟烷基因作用的直接结果，但氟烷基因常常加剧PSE。
从1991年以来，我们就能利用Hall843TM1DNA测试准确地分离氟烷基因的3种类型Fujii发现了在基因编码快速颤动纤维受体异构体或钙离子释放通道的自发性突变产生PSS。只要我们能轻易的检测出杂合子动物，就可能做一些关于这种突变的更细致的工作。
目前主要讨论的是，与完全不含此基因的动物相比，人们是否接受携带此基因动物的肉品质，这一点很重要，因为氟烷基因能明显增加胴体瘦肉率，但减少肉的嫩度和多汁性。最好的办法依赖于屠宰条件和加工方法。对于育种组织而言，最好的策略就是确保被屠宰猪的母本为氟烷基因阴性，而父本的氟烷状态能适合特定的胴体需要。
1.2 RN-基因
RN基因的概念是由Naveau提出来的。其表达结果产生"酸性猪肉"，随后在两种具有不同品系的法国猪中进行的种群分离分析实验中得到证实，是一个显性遗传基因。这个基因的名字来源于Rendement Naploe(RN),RN测试是一种预测化产出的实验方法。通过降低内中蛋白质含量和降低最终的pH值，这个显性等位基因导致技术品质的下降。最终pH的降低是白色纤维中糖原含量增加的结果。如低磷火腿热化加工过程中，RN基因携带者的产量要相对低3%～5%，而且这些火腿肉可能产生十分严重的切片损失。至今，人们发现这个基因仅从受汉普夏影响的群体中分离出来。但是由于基因的显性遗传和汉普夏公猪的广泛使用，育种者对这个基因十分关注。
Milan等发现RN基因位于15号染色体上。最近发布的研究结果将RN基因定位于Sw2053～Sw936，大约8cM片段上。根据RN基因在遗传图上的位置，发展了一种商业化了的DNA标识物来检测RN基因，此测试成功地预测了最终的pH值和含磷火腿热化加工产出的巨大差异。这个研究结果同时表明，当使用了磷酸盐以后，就不存在这种差异。虽然DNA标记物测试是一种十分优异地降低RN基因影响范围的工具，但要完全消除RN基因的影响，还需要一种DNA探针来检测自发性突变。Milan更精确地做了RN基因的定位，而且发现几种有助于消除这种影响的新标识物。
